Ok, je viens de faire le test : en faisant les congés un par un sur des arêtes adjacentes, j'ai le même comportement.
Si tu fais tous tes congés d'une même face en une seule opération (sélection des différentes arêtes en maintenant la touche CTRL enfoncée puis utilisation de l'outil congés pour tout faire d'un coup) ça devrait fonctionner
(je suppose que par défaut, il applique le congé à l'arête sélectionnée et à toutes celles qui sont dans la continuité de celle-ci, ce qui est le cas de la perpendiculaire après avoir réalisé le 1er congé ; difficile à confirmer sans plonger dans le code, et à priori impossible à modifier facilement)
EDIT: @bilbo, fais voir un screenshot de ton arbre de construction stp, c'est sans doute un problème de visibilité : en gros, ta forme de base, sur laquelle tu as appliqué le congé, doit être en visibilité forcée (icone colorée) alors qu'elle devrait être cachée (icone grise), seul le dernier élément étant visible (en l'occurrence, un truc certainement appelé Fillet)